Оплата за замещение директора во время его отсутствтвие. Как получить?

А вы доказать замещение директора сможете? Есть на руках приказ о том, что вы были и.о.?
В крайнем случае свидетельские показания, доказательства того, что вы действительно были и.о. - давали распоряжения, ставили свою подпись на документах, работали в школьной электронной почте от имени директора - что-то, что докажет, что даже если не было официального документа, но фактически вы работали на должности и сотрудники знали об этом.
Обращайтесь в ГИТ своего региона или в интернете https://онлайнинспекция.рф/problems Там же и консультируют работающих сотрудников.
Я лично была в вашей ситуации: замещала сотрудника, рассчитывала на определенную з.п., а оказалось, что меня никто не оформлял, и оплату получила символическую. Но это было очень давно, я никуда не обращалась, ну и ответственность и уровень з.п. был иным, нежели на руководящих должностях.