В сентябре школа была ППЭ, теперь администрация просит провести все пропущенные уроки

Вам бы лучше в свой (городской/областной) профсоюз обратиться, к профсоюзному юристу.
Если школа работает в одну смену, то, может, надо было проводить уроки во вторую?
А что было указано в приказе для школы - что делать с учебным процессом? Все ли учителя школы работали в ППЭ?
Если работали все, то они приказом были освобождены от работы по основной должности в день экзамена и привлечены к ЕГЭ, поэтому ничего "дорабатывать" не должны.
Если администрация требует отработать те дни, то пусть дополнительно оплачивает уроки, т.к. они не проведены не по вине учителей.

Во вторую смену вряд ли они могли уложиться, во время работы школы как ППЭ в нее войти-то сложно, не то что после экзамена прийти. Все парты расставлены как нужно, бирочки наклеены, номера аудиторий и т.д.
В вашей ситуации действительно:
1) пропуск уроков не по вашей вине, скорее всего, уроки в журнал нужно записать согласно приказа как обычно записывают день здоровья или карантин;
2) нужно смотреть конкретные документы, на основании которых школа "превратилась" в ППЭ.
Но даже если вы и согласитесь проводить уроки, то когда? Ведь расписание учеников уже есть, а сделать двойной учебный день школа не может, заставить учеников приходить во вторую смену или в каникулы - тоже. Не на лето же переносить уроки?
Действительно можно обратиться к юристу, или хотя бы дождаться, пока администрация письменно не выпустит приказ о работе по замене, а вы снимете копию этого приказа, заверите у секретаря и пойдете к юристу. В ГИТ бесплатно консультируют трудящихся.