Но я бы Вам посоветовал следующее. Подойти к директору школы и вежливо попросить показать постановление Минобра, которому Вы, как законопослушный гражданин(гражданка) с радостью подчинитесь.

Документ действительно существует. Он не новый! Создан в 2003 году Минобром. Называется "Об оценивании и аттестации учащихся, отнесенных по состоянию здоровья к специальной медицинской группе для занятий физической культурой"
Прочитать его можно хотя бы здесь: http://www.webapteka.ru/phdocs/doc6853.html
На самом деле, не прав преподаватель. Он в течение всего времени должен был организовать сдачу Вашим сыном зачетов. Если он не специалист в области работы с СМГ, то хотя бы на уровне теории. Теперь выход, наверное, действительно в сдаче некоего подобия экзамена по теории. Можно по официальным билетам по физической культуре (вот, например, с ответами http://www.5ballov.ru/referats/preview/76975 )- это уже на усмотрение администрации школы. Хотя... Это и их вина, что не контролировали. Он у Вас из класса в класс переходил с оценкой "освобожден"?????

Положение о формах и порядке проведения государственной (итоговой) аттестации обучающихся, освоивших основные общеобразовательные программы среднего (полного) общего образования
...
27. В аттестат выпускнику, получившему удовлетворительные результаты на государственной (итоговой) аттестации, выставляются итоговые отметки:
по каждому общеобразовательному предмету инвариантной части базисного учебного плана;
по каждому общеобразовательному предмету вариативной части учебного плана образовательного учреждения, изучавшемуся выпускником, в случае если на его изучение отводилось по учебному плану образовательного учреждения не менее 64 часов за два учебных года.